Hình mẫu của sân vận động đầu tiên của Bayern, sân nhà của họ từ năm 1906 đến năm 1924

Bayern chơi trận đấu tập luyện đầu tiên tại Schyrenplatz nằm ở trung tâm thành phố München. Các trận đấu chính thức đầu tiên của đội được tổ chức tại Theresienwiese. Từ năm 1901, Bayern chuyển tới sân riêng của mình, nằm trong khu Schwabing ở phố Clemensstraße. Sau khi gia nhập Münchner Sport-Club (MSC) vào năm 1906, Bayern chuyển về thi đấu từ tháng 5 năm 1907 tại khuôn viên của MSC nằm trên phố Leopoldstraße.[35]

Từ năm 1925, Bayern dùng chung sân vận động Grünwalder với câu lạc bộ 1860 München.[36] Cho đến thế chiến thứ hai, sân vận động thuộc quyền sở hữu của 1860 München, và thường được gọi một cách thông tục là sân vận động Sechz'ger (“Những năm 60”). Sân bị phá hủy trong chiến tranh, và các nỗ lực phục hồi lại nó khiến nó sau đó rất chắp vá. Kỷ lục về số khán giả trong một trận đấu của Bayern tại sân vận động Grünwalder là 50.000 người trong trận đấu sân nhà đối đầu với 1. FC Nuremberg ở mùa giải 1961–62.[37] Trong kỷ nguyên Bundesliga, sức chứa tối đa của sân là 44.000 chỗ, nhưng sức chứa đã bị giảm xuống còn 21.272 chỗ. Ngày nay các đội hình hai của cả Bayern và 1860 München sử dụng sân này.[38][39]

Sân vận động Olympic, sân nhà của Bayern München từ năm 1972 đến năm 2005

Để tổ chức Thế vận hội mùa hè 1972, thành phố München cho xây dựng sân vận động Olympic. Sân vận động được khánh thành vào trận đấu Bundesliga cuối cùng của mùa giải 1971–72. Trận đấu kéo một lượng khán giả lên đến 79.000 người. Sân vận động, trong những ngày đầu, được coi là một trong những sân hiện đại nhất thế giới, và được chọn để tổ chức nhiều trận chung kết lớn, như trận chung kết FIFA World Cup 1974.[40] Trong những năm tiếp theo, sân vận động có một vài sự thay đổi, như là tăng tỉ lệ số chỗ ngồi từ khoảng 50% lên xấp xỉ 66%. Cuối cùng, sân vận động có sức chứa 63.000 chỗ cho các trận đấu cấp độ quốc gia, và 59.000 cho các trận đấu quốc tế như là các giải đấu Cúp châu Âu. Nhưng nhiều người bắt đầu than phiền rằng sân vận động quá lạnh vào mùa đông, với nửa số khán giả tiếp xúc với thời tiết do không được che. Những phàn nàn khác cho rằng khoảng cách giữa khán giả và sân đấu quá xa, vì ngăn giữa khán đài và sân là đường chạy điền kinh. Những sự cải tiến sân vận động đều trở nên bất khả thi vì kiến trúc sư Günther Behnisch phủ quyết những cải tiến cho sân vận động.[41]

Sân vận động Allianz Arena được chiếu sáng màu đỏ cho các trận sân nhà của Bayern

Sau nhiều thảo luận, thành phố München, bang Bavaria, Bayern Munchen, và 1860 München cùng đồng ý vào cuối năm 2000 là sẽ xây dựng một sân vận động mới. Việc Đức giành được quyền đăng cai FIFA World Cup 2006 khiến cho việc thảo luận được đẩy nhanh vì sân vận động Olympic không còn đáp ứng các tiêu chuẩn của FIFA cho việc tổ chức một trận đấu World Cup. Sân vận động Allianz Arena được xây dựng tại ngoại ô phía Bắc thành phố và được đưa vào sử dụng kể từ đầu mùa giải 2005–06.[41] Sân hiện tại có sức chứa 75.000 chỗ ngồi (70.000 chỗ ngồi ở Champions League).[42]

Đặc điểm nổi bật của sân vận động là lớp trong mờ ngoài cùng, có thể phát sáng nhiều màu khác nhau. Màu đỏ được sử dụng cho các trận sân nhà của Bayern và màu trắng cho các trận sân nhà của đội tuyển bóng đá quốc gia Đức.[43]